Carregant...
Carregant...

Vés al contingut (premeu Retorn)

ALBCOM - Algorismia, Bioinformàtica, Complexitat i Mètodes Formals

Total activitats: 117
Tipus
Grup de recerca
Tipus de grup
Grup de recerca UPC
Acrònim
ALBCOM
Adreça
Jordi Girona Salgado, 1-3. 08034 Barcelona, Spain Obrir en finestra nova
Localitat
Barcelona
URL
http://albcom.cs.upc.edu Obrir en finestra nova
Objectius
L'objectiu del grup és la producció de contribucions rellevants en les àrees d'expertesa dels components del grup i la seva disseminació en revistes i conferències internacionals de prestigi reconegut. És voluntat del grup que les contribucions tinguin un impacte significatiu a llarg termini. La transferència de tecnologia és considerada com una conseqüència de l'excel·lència en la recerca i s'ha de portar a terme com un mitjà per incrementar l'impacte dels resultats, obtenir recursos per al grup i explorar nous temes per a la recerca en el futur.
Paraules clau
Algorismes, Combinatòria, Complexitat, Especificació, Estructures de dades, Genòmica, Grafs, Sistemes VLSI, Verificació.
Completa aquestes dades (només responsables)
  • Cases Muñoz, Rafel
    (fins 2011-05-31)
  • Clariso Viladrosa, Robert
    (fins 2003-01-31)
  • Clerici Martinez, Silvia Ines
    (fins 2014-12-31)
  • Costa Gorgônio, Kyller
    (fins 2006-09-30)
  • De San Pedro Martín, Javier
    (fins 2016-09-30)
  • Frances Medina, Guillem
    (fins 2009-06-14)
  • Frias Moya, Leonor
    (fins 2010-06-13)
  • Galceran Oms, Marc
    (fins 2010-06-30)
  • Garcia Chacon, Alina
    (fins 2007-04-30)
  • Gascon Caro, Adrian
    (fins 2013-07-31)
  • Gel Moreno, Bernat
    (fins 2010-12-31)
  • Gimenez Llach, Omer
    (fins 2010-10-31)
  • Hernandez Pibernat, Hugo
    (fins 2012-05-06)
  • Julvez Bueno, Jorge Emilio
    (fins 2008-09-28)
  • Maneva, Elitza Nikolaeva
    (fins 2009-11-05)
  • Meng, Jiangtao
    (fins 2005-10-15)
  • Muñoz Gama, Jorge
    (fins 2015-02-28)
  • Ochremiak, Joanna Regina
    (fins 2016-08-15)
  • Oliva Valls, Sergi
    (fins 2012-08-31)
  • Perez Gimenez, Xavier
    (fins 2003-08-31)
  • Roca Perez, Antoni
    (fins 2016-11-30)
  • Sanchez Charles, David
    (fins 2015-12-01)

Producció científica

1 a 50 de 117 resultats
 
  • MetaShot: an accurate workflow for taxon classification of host-associated microbiome from shotgun metagenomic data  Accés obert

     Fosso, B.; Santamaria, M.; D'Antonio, M.; Lovero, D.; Corrado, G.; Vizza, E.; Passaro, N.; Garbuglia, A.; Capobianchi, M.; Crescenzi, M.; Valiente, G.; Pesole, G.
    Bioinformatics
    Vol. 33, num. 11, p. 1730-1732
    DOI: 10.1093/bioinformatics/btx036
    Data de publicació: 2017-06-01
    Article en revista
    Accés al text complet
  • Complexity and dynamics of the winemaking bacterial communities in berries, musts, and wines from apulian grape cultivars through time and space  Accés obert

     Marzano, M.; Fosso, B.; Manzari, C.; Grieco, F.; Intranuovo, M.; Cozzi, G.; Mule, G.; Scoscia, G.; Valiente, G.; Tullo, A.; Sbisa, E.; Pesole, G.; Santamaria, M.
    PLoS one
    Vol. 11, num. 6, p. 1-19
    DOI: 10.1371/journal.pone.0157383
    Data de publicació: 2016-06-14
    Article en revista
    Accés al text complet
  • BioMaS: a modular pipeline for Bioinformatic analysis of Metagenomic AmpliconS  Accés obert

     Fosso, B.; Santamaria, M.; Marzano, M.; Alonso-Alemany, D.; Valiente, G.; Donvito, G.; monaco, A.; Notarangelo, P.; Pesole, G.
    BMC bioinformatics
    Vol. 16:203, p. 1-11
    DOI: 10.1186/s12859-015-0595-z
    Data de publicació: 2015-07-01
    Article en revista
    Accés al text complet
  • Algorísmia, Bioinformàtica, Complexitat i Mètodes Formals ALBCOM

     Diaz, J.; Cortadella, J.; Orejas, F.; Martinez, C.; Serna, M.; Alvarez, C.; Gabarro, J.; Atserias, A.; Messeguer, X.; Petit, J.; Pino, E.; Roura, S.; Valiente, G.; Carmona, J.; Godoy, G.; Duch, A.; Blesa, M.; Molter, H.; San Pedro, J. de; Munoz-Gama, J.; Roca, A.; Lauria, M.; Ochremiak, J.R.
    Projecte R+D+I competitiu
  • The comparison of tree-sibling time consistent phylogenetic networks is graph isomorphism-complete

     Cardona, G.; Llabrés, M.; Rossello, F.; Valiente, G.
    The scientific world journal
    Vol. 2014, num. Article ID 254279, p. 1-6
    DOI: 10.1155/2014/254279
    Data de publicació: 2014-01-01
    Article en revista
  • Reference databases for taxonomic assignment in metagenomics

     Santamaria, M.; Fosso, B.; Consiglio, A.; De Caro, G.; Grillo, G.; Licciulli, F.; Liuni, S.; Marzano, M.; Alonso-Alemany, D.; Valiente, G.; Pesole, G.
    Briefings in bioinformatics
    Vol. 13, num. 6, p. 682-695
    DOI: 10.1093/bib/bbs036
    Data de publicació: 2012-11
    Article en revista
  • Faster computation of the Robinson-Foulds distance between phylogenetic networks

     Asano, T.; Jansson, J.; Sadakane, K.; Uehara, R.; Valiente, G.
    Information sciences
    Vol. 197, p. 77-90
    DOI: 10.1016/j.ins.2012.01.038
    Data de publicació: 2012-08-15
    Article en revista
  • Taxonomic assignment in metagenomics with TANGO  Accés obert

     Alonso-Alemany, D.; Clemente, J.; Jansson, J.; Valiente, G.
    EMBnet.journal
    Vol. 17, num. 2, p. 46-50
    Data de publicació: 2011-12-01
    Article en revista
    Accés al text complet
  • Computational challenges of sequence classification in microbiomic data

     Ribeca, P.; Valiente, G.
    Briefings in bioinformatics
    Vol. 12, num. 6, p. 614-625
    DOI: 10.1093/bib/bbr019
    Data de publicació: 2011-11
    Article en revista
  • Flexible taxonomic assignment of ambiguous sequencing reads

     Clemente, J.; Jansson, J.; Valiente, G.
    BMC bioinformatics
    Vol. 12, num. 8, p. 1-15
    DOI: 10.1186/1471-2105-12-8
    Data de publicació: 2011-01-07
    Article en revista
  • Comparison of Galled Trees

     Cardona, G.; Llabrés, J.; Rossello, F.; Valiente, G.
    IEEE-ACM transactions on computational biology and bioinformatics
    Vol. 8, num. 2, p. 410-427
    DOI: 10.1109/TCBB.2010.60
    Data de publicació: 2010-07-26
    Article en revista
  • Characterization of phylogenetic networks with NetTest  Accés obert

     Arenas, M.; Patricio, M.; Posada, D.; Valiente, G.
    BMC bioinformatics
    Vol. 11, num. 268, p. 1-5
    DOI: 10.1186/1471-2105-11-268
    Data de publicació: 2010-05-20
    Article en revista
    Accés al text complet
  • An optimized TOPS+ comparison method for enhanced TOPS models  Accés obert

     Veeramalai, M.; Gilbert, D.; Valiente, G.
    BMC bioinformatics
    Vol. 11, num. 138
    DOI: 10.1186/1471-2105-11-138
    Data de publicació: 2010-03-17
    Article en revista
    Accés al text complet
  • Path lengths in tree-child time consistent hybridization networks

     Cardona, G.; Llabrés, M.; Rossello, F.; Valiente, G.
    Information sciences
    Vol. 180, num. 3, p. 366-383
    DOI: 10.1016/j.ins.2009.09.013
    Data de publicació: 2010-02
    Article en revista
  • Comparison of tree-child phylogenetic networks  Accés obert

     Cardona, G.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    IEEE-ACM transactions on computational biology and bioinformatics
    Vol. 6, num. 4, p. 552-569
    DOI: 10.1109/TCBB.2007.70270
    Data de publicació: 2009-11-03
    Article en revista
    Accés al text complet
  • On Nakhleh's metric for reduced phylogenetic networks  Accés obert

     Cardona, G.; Llabrés, M.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    IEEE-ACM transactions on computational biology and bioinformatics
    Vol. 6, num. 4, p. 629-638
    DOI: 10.1109/TCBB.2009.33.
    Data de publicació: 2009-11
    Article en revista
    Accés al text complet
  • All that glisters is not galled

     Rosselló, F.; Valiente, G.
    Mathematical biosciences
    Vol. 221, num. 1, p. 54-59
    DOI: 10.1016/j.mbs.2009.06.007
    Data de publicació: 2009-10
    Article en revista
  • ALGORISMIA, BIOINFORMÀTICA, COMPLEXITAT I METODES FORMALS (ALBCOM)

     Diaz, J.; Orejas, F.; Galceran, M.; Oliva, S.; Godoy, G.; Atserias, A.; Martinez, C.; Edelmira Pasarella; Pino, E.; Alvarez, C.; Blum, C.; Gabarro, J.; Cortadella, J.; Molinero, X.; Serna, M.; Messeguer, X.; Roura, S.; Blesa, M.; Valiente, G.; Duch, A.; Carmona, J.; Hernandez, H.; Gel, B.; Gascon, A.; Petit, J.
    Projecte R+D+I competitiu
  • An algebraic metric for phylogenetic trees

     Alberich, R.; Cardona, G.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    Applied mathematics letters
    Vol. 22, num. 9, p. 1320-1324
    DOI: 10.1016/j.aml.2009.03.003
    Data de publicació: 2009-09
    Article en revista
  • Efficient reconstruction of metabolic pathways by bidirectional chemical search

     Félix, L.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    Bulletin of mathematical biology
    Vol. 71, num. 3, p. 750-769
    DOI: 10.1007/s11538-008-9380-8
    Data de publicació: 2009-04
    Article en revista
  • Metrics for phylogenetic networks I: Generalizations of the Robinson-Foulds Metric

     Cardona, G.; Llabrés, M.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    IEEE-ACM transactions on computational biology and bioinformatics
    Vol. 6, num. 1, p. 46-61
    DOI: 10.1109/TCBB.2008.70
    Data de publicació: 2009-01
    Article en revista
  • Extended Newick: it is time for a standard representation of phylogenetic networks

     Cardona, G.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    BMC bioinformatics
    Vol. 9, num. 532, p. 1-8
    DOI: 10.1186/1471-2105-9-532
    Data de publicació: 2008-12
    Article en revista
  • Characterization of reticulate networks based on the coalescent with recombination

     Arenas, M.; Valiente, G.; Posada, D.
    Molecular biology and evolution
    Vol. 25, num. 12, p. 2517-2520
    DOI: 10.1093/molbev/msn219
    Data de publicació: 2008-12
    Article en revista
  • OPTIMAL ARTIFICIAL CHEMISTRIES

     FÉLIX, L.
    Departament de Ciències de la Computació, Universitat Politècnica de Catalunya
    Tesi doctoral
  • Seeded tree alignment

     Lozano, A.; Pinter, R.; Rokhlenko, O.; Valiente, G.; Ziv-Ukelson, M.
    IEEE-ACM transactions on computational biology and bioinformatics
    Vol. 5, num. 4, p. 503-513
    DOI: 10.1109/TCBB.2008.59
    Data de publicació: 2008-10
    Article en revista
  • A distance metric for a class of tree-sibling phylogenetic networks

     Cardona, G.; Llabrés, M.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    Bioinformatics
    Vol. 24, num. 13, p. 1481-1488
    DOI: 10.1093/bioinformatics/btn231
    Data de publicació: 2008-07-01
    Article en revista
  • Bubbles: Alternative Splicing Events of Arbitrary Dimension in Splicing Graphs

     Sammeth, M.; Valiente, G.; Guigo Serra, Roderic
    Lecture notes in bioinformatics
    Vol. 4955, p. 372-395
    DOI: 10.1007/978-3-540-78839-3_32
    Data de publicació: 2008-04
    Article en revista
  • A perl package and an alignment tool for phylogenetic networks

     Cardona, G.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    BMC bioinformatics
    Vol. 9, num. 175, p. 1-5
    DOI: 10.1186/1471-2105-9-175
    Data de publicació: 2008-03
    Article en revista
  • Tripartitions do not always discriminate phylogenetic networks

     Cardona, G.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    Mathematical biosciences
    Vol. 211, num. 2, p. 356-370
    DOI: 10.1016/j.mbs.2007.11.003
    Data de publicació: 2008-02
    Article en revista
  • Metodos algoritmicos y algebraicos en bioinformatica

     Valiente, G.
    Projecte R+D+I competitiu
  • Validation of metabolic pathway databases based on chemical substructure search

     Félix, L.; Valiente, G.
    Biomolecular engineering
    Vol. 24, num. 3, p. 327-335
    DOI: 10.1016/j.bioeng.2007.02.008
    Data de publicació: 2007-09
    Article en revista
  • Linear structure of bipartite permutation graphs and the longest path problem

     Uehara, R.; Valiente, G.
    Information processing letters
    Vol. 103, num. 2, p. 71-77
    DOI: 10.1016/j.ipl.2007.02.010
    Data de publicació: 2007-07-16
    Article en revista
  • Compression-based classification of biological sequences and structures via the Universal Similarity Metric: experimental assessment

     Ferragina, P.; Giancarlo, R.; Greco, V.; Manzini, G.; Valiente, G.
    BMC bioinformatics
    Vol. 8, num. 252, p. 1-20
    DOI: 10.1186/1471-2105-8-252
    Data de publicació: 2007-07
    Article en revista
  • Alignment-free comparison of TOPS strings

     Gilbert, D.; Rosselló, F.; Valiente, G.; Veeramalai, M.
    Data de publicació: 2007-04-30
    Capítol de llibre
  • Efficient algorithms on trees and graphs with unique node labels

     Valiente, G.
    DOI: 10.1007/978-3-540-68020-8_5
    Data de publicació: 2007-01-31
    Capítol de llibre
    Imatge
  • Phylogenetic reconstruction from non-genomic data

     Clemente, J.; Satou, K.; Valiente, G.
    Bioinformatics
    Vol. 23, num. 2, p. e110-e115
    DOI: 10.1093/bioinformatics/btl307
    Data de publicació: 2007-01-15
    Article en revista
  • Seeded Tree Alignment and Planar Tanglegram Layout

     Lozano, A.; Pinter, R.; Rokhlenko, O.; Valiente, G.; Ziv-Ukelson, M.
    Lecture notes in computer science
    Vol. 4645, p. 98-110
    DOI: 10.1007/978-3-540-74126-8_10
    Data de publicació: 2007-01
    Article en revista
  • Reconstructing Metabolic Pathways by Bidirectional Chemical Search

     Félix, L.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    Lecture notes in computer science
    Vol. 4695, p. 217-232
    DOI: 10.1007/978-3-540-75140-3_15
    Data de publicació: 2007-01
    Article en revista
  • On the ancestral compatibility of two phylogenetic trees with nested taxa

     Llabrés, M.; Rocha, J.; Rosselló, F.; Valiente, G.
    Journal of mathematical biology
    Vol. 53, num. 3, p. 340-364
    DOI: 10.1007/s00285-006-0011-4
    Data de publicació: 2006-09
    Article en revista
  • Finding Conserved and Non-Conserved Regions Using a Metabolic Pathway Alignment Algorithm

     Clemente, J.; Satou, K.; Valiente, G.
    Genome informatics workshop. Proceedings
    Vol. 17, num. 2-4, p. 46-56
    Data de publicació: 2006-09
    Article en revista
  • Assessing Clustering Results with Reference Taxonomies

     Valiente, G.
    Genome informatics workshop. Proceedings
    Vol. 17, num. 2-4, p. 131-140
    Data de publicació: 2006-09
    Article en revista
  • Fuzzy Clustering improves Phylogenetic Relationships Reconstruction from Metabolic Pathways

     Valiente, G.; Casasnovas, J.; Clemente, J.; Miró-Julià, J.; Rosselló, F.; Satou, K.
    Data de publicació: 2006-07-31
    Capítol de llibre
    Imatge
  • Ajuda CPM 2006

     Valiente, G.
    Projecte R+D+I competitiu
  • Site consistency in phylogenetic networks with recombination

     Asano, T.; Evans, P.; Uehara, R.; Valiente, G.
    Data de publicació: 2006-01-31
    Capítol de llibre
    Imatge
  • An algebraic view of the relation between largest common subtrees and smallest common supertrees

     Francesc, R.; Valiente, G.
    Theoretical computer science
    Vol. 362, num. 1-3, p. 33-53
    DOI: 10.1016/j.tcs.2006.05.031
    Data de publicació: 2006-01
    Article en revista
  • A fast algorithmic technique for comparing large phylogenetic trees

     Valiente, G.
    Lecture notes in computer science
    Vol. 3772, p. 370-375
    DOI: 10.1007/11575832_41
    Data de publicació: 2005-11
    Article en revista
  • Reconstruction of Phylogenetic Relationships from Metabolic Pathways based on the Enzyme Hierarchy and the Gene Ontology

     Clemente, J.; Kenji, S.; Valiente, G.
    Genome informatics workshop. Proceedings
    Vol. 16, num. 2, p. 45-55
    Data de publicació: 2005-09
    Article en revista
  • Qualitatively Predicting Acetylation and Methylation Areas in DNA Sequences

     Pham, T.; Tran, D.; Ho, T.; Satou, K.; Valiente, G.
    Genome informatics workshop. Proceedings
    Vol. 16, num. 2, p. 11-33
    Data de publicació: 2005-09
    Article en revista