Carregant...
Carregant...

Vés al contingut (premeu Retorn)

Efficient parallel construction of suffix trees for genomes larger than main memory

Autor
Comin, M.; Farreras, M.
Tipus d'activitat
Presentació treball a congrés
Nom de l'edició
20th European MPI Users' Group Meeting
Any de l'edició
2013
Data de presentació
2013-09
Llibre d'actes
Proceedings of the 20th European MPI Users' Group Meeting (EuroMPI 2013): Madrid, Spain: September 15-18, 2013
Pàgina inicial
211
Pàgina final
216
Editor
ACM
DOI
https://doi.org/10.1145/2488551.2488579 Obrir en finestra nova
Projecte finançador
Computación de altas prestaciones V: arquitecturas, compiladores, sistemas operativos, herramientas y aplicaciones
Repositori
http://hdl.handle.net/2117/22471 Obrir en finestra nova
URL
http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2488579 Obrir en finestra nova
Resum
The construction of suffix tree for very long sequences is essential for many applications, and it plays a central role in the bioinformatic domain. With the advent of modern sequencing technologies, biological sequence databases have grown dramatically. Also the methodologies required to analyze these data have become everyday more complex, requiring fast queries to multiple genomes. In this paper we presented Parallel Continuous Flow PCF, a parallel suffix tree construction method that is suit...
Citació
Comin, M.; Farreras, M. Efficient parallel construction of suffix trees for genomes larger than main memory. A: European MPI Users' Group Meeting. "Proceedings of the 20th European MPI Users' Group Meeting (EuroMPI 2013): Madrid, Spain: September 15-18, 2013". Madrid: ACM, 2013, p. 211-216.
Paraules clau
Parallel algorithms, Suffix tree, Whole genome indexing
Grup de recerca
CAP - Grup de Computació d'Altes Prestacions

Participants

  • Comin, Matteo  (autor ponent)
  • Farreras Esclusa, Montserrat  (autor ponent)